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常见的系统生物学平台——生物信息绘图服务

常见的系统生物学平台——生物信息绘图服务 一、能进行绘制的图表类型, 按照科研论文标准的状况, 适配 SCI / 是中文核心的那种, 有着几类存在。其中一类是组学测序类系列, 这里包含转录组、基因组、代谢组、蛋白组、单细胞这些方面, 对于差异基因分析图, 有火山图plot, 有差异基因韦恩图Venn, 还有UpSet图的差异基因热图, 此热图有着行标准化、分组聚类、注释条这些内容, 也有富集分析图的GO/KEGG柱状图、气泡图、圈图以及富集、富集网络图, 还有GSEA富集得分曲线图、GSVA通路打分热图。另外有样本关系图, 其中有PCA主成分分析图、t-SNE/UMAP单细胞分群图、PCOA样本相关性热图、距离聚类树。再有基因组结构图, 这里含染色体圈图、基因结构示意图Gene,包括SNP/CNV变异分布图、共线性分析图。最后是单细胞专属图, 有分群UMAP/tSNE、标记基因plot、小提琴图, 还有细胞比例堆叠柱状图、细胞通讯网络图。二进行分子实验来验证图, 其中蛋白 WB 灰度呈现量化柱状, 有的做成点线图, 而涉及 qPCR 的基因表达则是柱状图, 还有分组折线图, 免疫组化 IHC 评分显现为散点图, 组织在染色时有个示意图, 关于细胞凋亡、克隆, 还有统计图表三, 是关于微生物、肠道菌群方面的。四通向道路、作用机理、示意模型图原创的模式图形这分子的作用机理通向道路图信号通向道路的上下游、靶向进行调控是动物制造模型的流程图表、细胞实验进程的示意图形, 临床样本分开组别的流程图表、课题带有技术的路线图五临床统计的图表。生存曲线图 -Meier、ROC 曲线、森林图 plot箱线图 、散点图、配对连线图、分组小提琴图二、以期刊所适配的绘图交付标准来看, 其分辨率方面, 矢量图的格式为PDF/AI/EMF, 要求可编辑且无锯齿, 同时还需有PNG高清图配色上采用SCI经典配色, 也就是/Cell/NAR色系, 具备低饱和度的特征, 并且对黑白印刷友好格式规范要符合目标期刊的有关图注、坐标轴、图例、误差棒SD/SEM、显著性标记* / ** / *** /ns的标准在可调整方面, 分组、颜色、坐标轴范围、聚类方式、显著性阈值能够依照需求进行修改, 三、绘图工具与交付源文件。四、需要进行完整服务流程需求沟通, 要告知研究方向, 包括转录组、单细胞、微生物、临床这些方面, 还要说明图表类型、目标期刊、配色偏好、分组信息。接着进行材料提交, 涵盖表达矩阵、差异表、富集结果、分组信息、临床表型数据。之后是初稿绘制, 1到2个工作日会出初稿, 并发送预览图以供核对。有免费微调, 涉及配色、分组、图例、显著性、坐标轴。经过多次修改调整后最终交付, 交付内容为高清图片、矢量文件、完整绘图代码。还有附加增值服务, 图表统一美化, 多张图要统一配色、字体、字号, 整套图风格需一致结果解读, 配套图表生信结果会进行简单解读, 辅助撰写论文。图注代码教学, 提供注释完整代码, 简单讲解参数, 后续换数据可自行出图。机制模式图定制, 有原创手绘通路图、课题技术路线图、实验流程图。六、适用人群硕博研究生, 以及医学、生物科研人员, 还有测序公司、临床医生, 会将其用于毕业论文, 用于SCI期刊投稿, 用于基金标书配图, 用于会议海报展板绘图。
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